當前，合肥巢湖經開區正以學習貫徹落實市第十次黨代會2015年會議精神為契機，認真謀劃“十三五”發展規劃，高標準規劃產業藍圖。該區堅持科技創新、生態低碳和差異化發展不動搖，全力建設世界級高端產業集群、國際化創新創業中心、三產融合綠色文旅新市鎮。
　　
　　該區瞄準國際國內前沿和高端，突出項目引領，強化招才引智，發展壯大戰略性新興產業，大力培育高科技服務業，加快打造全省乃至全國性的產業集群，努力向世界級邁進。“十三五”期間，該區將發展大健康產業集聚，按照“藥、醫、養、健、游”的發展思路，以扶持壯大龍頭企業為核心，打造全球首個生物經濟實驗區、全國首個安全食品產業示范基地、5A級景區和國家級旅游度假區，成為全球產業規模最大、產業鏈最為完整的國際化大健康產業基地之一。該區還將發展“中國制造2025”高端裝備制造產業集群，實施協同創新工程，加快推進微小型及重型燃氣輪機研發與產業化，推動新能源汽車整車及關鍵零部件集聚發展。
　　
　　如今，合巢經開區在“工業發展主引擎、創新發展新高地”的戰略定位下，生物醫藥、高端裝備制造、高技術服務業等為主導的現代產業格局基本形成。北大未名生物經濟研究院加強國內外合作，推動第四代抗體藥、細胞培養等技術在國內臨床研究和產業化。微小型燃氣輪機研究院研發進展國內領先，3款機型年底實現運轉。另外，中國農科院合肥食品創新研究院等一大批項目的開工建設夯實了園區發展的“底盤”。